La Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio ha aprobado los programas de actuación que detallan y desarrollan los diez planes de recuperación y conservación para 159 especies de flora y fauna amenazadas en Andalucía, aprobados en 2011 y 2012 por el Consejo de Gobierno de la Junta. Estas medidas, recogidas en la Orden de 20 de mayo de 2015, publicada en el Boletín Oficial de la Junta de Andalucía (BOJA), van dirigidas a preservar el lince ibérico, águila imperial ibérica, aves necrófagas, aves esteparias, aves de humedales, peces e invertebrados de medios acuáticos epicontinentales, especies de dunas, arenales y acantilados costeros, especies de altas cumbres, pinsapo y helechos.

Estos documentos, con una vigencia de cinco años, incluyen acciones dirigidas a la recuperación de las poblaciones, reducir las amenazas y a proteger sus hábitats actuales y posibles áreas de expansión. Además de los objetivos ecológicos, los planes fijan también como prioridad la generación de mano de obra en las zonas rurales y la mejora de la gestión de los recursos naturales.

Con respecto al plan del lince ibérico, se aplica en las áreas consideradas críticas para la especie, como son las zonas de Andújar-Cardeña y de Doñana-Aljarafe; en las áreas potenciales, como Doñana-Aljarafe, Guadalmellato, Guarrizas y en las áreas de expansión de Andújar-Cardeña, y en la de conexión Doñana-Sierra Morena. Entre las medidas de actuación establecidas en el documento destacan las referentes a la mejora de hábitats, reducción de la mortalidad no natural y seguimiento sanitario.